نبذة عن المختبر
مختبر علوم الحياة الصحراوية
يعتبر مختبر علوم الحياة الصحراوية مرفقًا متطورًا للبحوث الجينومية، أسسه إكبا بالتعاون مع معهد بيجينغ للجينوم (BGI) في العام 2020. يحتوي المختبر على أحدث معدات التقنيات الحيوية، بما في ذلك المنصة الخاصة بتحديد تسلسل الجيل الثاني (DNBSEQ-G400RS).
كما أنه مصمم لإجراء إعادة تحديد تسلسل كامل للجينوم، وتحديد الطراز الوراثي عن طريق تحديد التسلسل، وكذلك لإجراء بحوث الجينوم البيئية، ونسخ الحمض النووي الريبي وتسلسله وغيرها من البحوث.
تشمل الأهداف العامة للمختبر ما يلي:
- دعم استنباط الطرز الوراثية لأصناف مختلفة تتسم بقدرة أكبر على التأقلم وتناسب البيئات الهامشية من خلال اتباع نـُهج جينومية.
- إجراء توصيف جزيئي وتحليل جينومي للموارد الوراثية النباتية المتوافرة لدى بنك الجينات في إكبا وذلك ضمانًا لكفاءة استخدامها في تربية المحاصيل وتحسين البيئات الهامشية.
- تعزيز استخدام النـُهج والأدوات الجينومية وغيرها المتعلقة بالتقنيات الحيوية من خلال تنمية قدرات الأفراد والمؤسسات في مختلف البلدان.
الخدمات
تسلسل النسخ للحمض النووي الريبي
إن دراسة تسلسل النسخ للحمض النووي الريبي (RNA) هي طريقة لتحديد تسلسل الجيل الثاني، حيث تُستخدم لدراسة وجود RNA ونوعيته في عينة حيوية ما.
دراسات الارتباط على مستوى الجينوم
تُمثل دراسات الارتباط على نطاق الجينوم (GWAS) بأنها طريقة لتحديد الجينات المرشحة والمواقع المرتبطة بصفات مظهرية عن طريق دراسة الخلل في توازن الارتباط ما بين الواسمات والمواصفات المظهرية.
تحديد الطراز الوراثي بالتسلسل
إن تحديد الطراز الوراثي بالتسلسل هي طريقة مستخدمة لتحديد التكوين المتعدد لوحيد النيوكلوتيد (SNP) من خلال إعادة سلسلة الجينوم وذلك لإجراء دراسات متعلقة بتحديد الطراز الوراثي.
تحليل الجينوم البيئي للتربة
يُستخدم تحليل الجينوم البيئي للتربة لدراسة تنوع الكائنات المجهرية في التربة.
دراسة تسلسل كامل الجينوم
تُعتبر دراسة تسلسل الجينوم الكامل بأنها طريقة شاملة لتحديد كامل سلسلة DNA لجينوم كائن حي ما.
التجهيزات
منصة تحديد تسلسل الجيل الثاني DNBSEQ-G400RS
تُعد منصة DNBSEQ-G400RS إحدى أحدث نظيراتها لتحديد تسلسل الجيل الثاني. فهي قادرة على توليد 1440 جيغابايت من البيانات في غضون أقل من 72 ساعة، مع قدرة على قراءة حتى 400 زوج من القواعد. ويمكن استخدام هذه المنصة لتحديد تسلسل جينوم أنواع مختلفة، وتحديد الطراز الوراثي من خلال التسلسل، وإعادة تسلسل كامل الجينوم، وتحديد تسلسل الإكسوم (exome) الكامل، وتحليل الجينوم البيئي وتحديد تسلسل نسخ الحمض النووي الريبي.
تفاعل البوليميريز المتسلسل آنيًا
تُستخدم منصات الأجهزة الحيوية التطبيقية (Applied Biosystems™) في تفاعل البوليميريز المتسلسل آنيًا لمعرفة مستوى التعبير الوراثي وكذلك للتحقق من نتائج تحليل نسخ الحمض النووي الريبي من منصة تحديد تسلسل الجيل الثاني.
المختبر مجهز أيضاً بمقياس تألق Qubit 4 وأجهزة خاصة بتفاعل البوليميريز المتسلسل (Bioer و Applied Biosystems™)، وأجهزة طرد مركزي عالية السرعة، ومعقم أتوماتيكي، ومجموعة تدفق الهواء الصفيحي، وحجرات للنمو، وغيرها.
جهاز M220 Focused-ultrasonicator
جهاز M220 Focused-ultrasonicator™ هو جهاز سهل الاستخدام، يساعد على تقطيع الحمض النووي الريبوزي (DNA) من أجل تحديد تسلسل الجيل الثاني ويعطي توزيعات لقطع متراصة للتكرار بدرجة كبيرة. كما يحتوي على برامج محسنة لتقطيع DNA لتوليد قطع يتراوح قياسها من 150 إلى 5,000 زوج من القواعد. وتتوفر في الجهاز أيضاً تقنيات الصوتيات التكيفية المركزة (AFA) التي تساعد على تقليل التباين الناجم عن المشغل، كما تحسن الاسترداد وتزيد من الكفاءة، وتعطي نتائج موحدة.
جهاز التحليل الحيوي سريع الاستجابة 2100 (Agilent Bioanalyzer 2100)
إن جهاز التحليل الحيوي سريع الاستجابة 2100 (Agilent Bioanalyzer 2100) هو جهاز رحلان كهربائي آلي يعتمد على الموائع الدقيقة لتحديد حجم الحمض النووي DNA والحمض RNA والبروتينات والخلايا، وكذلك لتحديد كميتها وضبط جودتها. ويجمع هذا الجهاز بين أداة وبرمجية لمعالجة البيانات وكواشف وشريحة الموائع المجهرية المخصصة لتحليل DNA وتحليل RNA والبروتين. والجهاز مناسب لسير العمل المتعلق بتحديد تسلسل الجيل الثاني، والتعبير الوراثي، والمستحضرات الدوائية الحيوية، والتعديل الجينومي، كما يعطي الجهاز تقييماً تحليلياً عالي الدقة لشتى أنواع العينات.